안녕하세요. 그라토입니다.
그런경우가 있다니... 그라토 실행후에 오른쪽 아래 "환경설정"->"업데이트 설정" 에서 "윈도우 시작시 업데이트 확인" 체크를 없애고 "적용" 그럼 윈도우 부팅시에 업데이트 확인하는 창이 뜨지 않습니다.

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